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Os trabalhos de recolha de dados para o projeto Atlas decorreram durante os anos de 2011 e 2012 e incidiram exclusivamente sobre as espécies de morcegos que ocorrem em território de Portugal continental. Dados recolhidos durante 2010 foram também considerados, quando disponíveis. A metodologia desenvolvida baseou-se na metodologia do trabalho de Rainho et al., ajustada a uma amostragem baseada numa grelha de quadrículas de 10 km por 10 km. Foram também integradas algumas das adaptações implementadas nas recomendações do ICNF para programas de monitorização, que facilitaram a inclusão de dados recolhidos pelas equipas de Avaliação e Monitorização de Impacto Ambiental e desta forma permitiram alargar a cobertura da amostragem nacional.
A localização de potenciais abrigos resultou frequentemente da informação obtida junto de habitantes da região. Não foi definido na metodologia do Atlas um número mínimo de abrigos a visitar por quadrícula. Cada local identificado como potencial abrigo foi visitado para verificar se ocorria a presença de morcegos ou de vestígios (p.ex. acumulação de excrementos). Quando detetados vestígios, sempre que possível, o abrigo foi visitado novamente noutras épocas do ano.
Os dados foram recolhidos tendo em conta 3 vertentes:
A recolha de dados acústicos durante o Atlas foi feita em cinco ou mais pontos de amostragem. Cada ponto teve duração de 10 minutos e os cinco pontos foram distribuídos em cada quadrícula 10x10 km de forma a cobrir os principais usos do solo da região, mas incidindo também em habitats com reconhecido valor para os morcegos, como é o caso das zonas ribeirinhas. Esta amostragem foi realizada durante as primeiras três horas da noite, entre abril e setembro, em condições meteorológicas favoráveis à atividade dos morcegos (p.ex. sem chuva, vento forte ou nevoeiro).
Para além das duas vertentes referidas foram ainda considerados dados resultantes de identificação morfológica, isto é, amostragens pontuais com redes, dados de mortalidade e outras observações ocasionais. Apesar de não serem sistematizados, estes dados foram de grande importância para espécies por vezes difíceis de localizar através dos seus abrigos ou de identificar a partir das suas vocalizações.
Abrigos – indica a presença de abrigos na respetiva quadrícula, detetados ou confirmados durante o projeto Atlas.
Identificação morfológica – indica que a presença da espécie na quadrícula foi confirmada através de métodos que permitiram a identificação morfológica dos indivíduos. Os métodos poderão referir-se a observação em abrigos, captura em redes ou mortalidade.
Identificação acústica – indica a presença de espécies identificadas através de métodos acústicos. Dado que, em regra, a identificação morfológica é mais fiável que a acústica, a primeira prevalece na informação mapeada sempre que numa mesma quadrícula a espécie é identificada com recurso a ambos os métodos.